هو السلطة العليا في الهيئة ويمارس الصلاحيات المنصوص عليها في إتفاقية إنشاء الهيئة أو أية صلاحيات أخرى لازمة لتقدم العمل. ويتكوّن المؤتمر العام من الوزراء المسؤولين عن الطاقة النووية أو ممّن لهم سلطة الوزير في مجال الطاقة النووية في الدول الأعضاء .

ويختص المؤتمر العام بما يلي :

1 ـ تحديد الخطوط الرئيسية لعمل الهيئة والمنهج العام الذي تسير عليه .

2 ـ اتخاذ القرارات بشأن برامج ومشاريع الهيئة .

3 ـ تقرير عقد المؤتمرات الاستثنائية عند اللزوم .

4 ـ الموافقة على مشروع الميزانية وتقديرات الإنفاق .

5 ـ تعيين المدير العام للهيئة وتجديد تعيينه .